EMDR handler om å aktivere ubehagelige minner fra fortiden. Dette gjøres i en trygg setting. I behandlingen er vi opptatt av at pasienten ikke skal presses til noe en ikke føler seg klar for. For å forberede til behandlingen benyttes først en øvelse som kalles «trygt sted». Her er vi opptatt av å tenke på et fint og trygt sted, samtidig som en ser på lyset. Dette skaper en god og trygg følelse i kroppen og en tilvenning til stimuleringen. Når dette er gjennomført går en videre til bearbeidelse – da blir du bedt om å hente frem det mest ubehagelige minnet og legge merke til hva du kjenner, tenker og føler. Når en tenker på et ubehagelig minne samtidig som en ser på lyset vil dette kreve mye kapasitet av hjernen. Det er dette som driver prosesseringen av minnet. Hjernen din klarer ikke å gjøre begge deler. Derfor går klarheten og emosjonaliteten av de vonde minnene ned. Etter endt terapitime sørger hjernen din for at minnet går fra arbeidsminnet til langtidsminnet – minnet rekonsolideres. Under rekonsolideringen lagres denne nye, mindre klare og følelsmessige versjonen av minnet, og det vil være lettere for deg å forholde deg til det.

I behandlingen vil en også legge merke til at følelser, fysiske erindringer og minner kan bli svært klare og komme frem. Dette gjør at en også bevisst bearbeider minnet på nytt. Når ubehaget gradvis minsker gjennom behandlingen vil en kunne føle en distanse til traumene. Dette skaper en mulighet til å endre perspektiv på traumene, eget selvbilde og tankesett. De fleste vil etter endt behandling oppleve at kroppen ikke lenger er i beredskap, at triggere ikke lenger er så tilstede og at stresset minsker. Dette legger til rette for bedret søvn, apetitt og generell funksjon i hverdagen.